黑金在监狱中时常给李三找麻烦,好在同牢房的马脸教了李三一些忍耐之道,李三才勉强活了下来。某天夜里,李三发现了马脸在挖地道,马脸告诉李三自己被判了50年,这也是无可奈何,李三答应帮他保密。
李毅终于康复,从方俊生口中得知城防图已经被日本人拿走,李毅回警署找陈宇对峙,却发现自己已被架空,实权早已落入陈宇之手。未免夜长梦多,陈宇找到监狱长钟原,设计杀死李三。在囚犯外出搬石时,钟原故意命人佯装守备松懈。
马脸一见有漏洞想要逃跑,李三劝阻马脸没有成功,结果马脸被守卫以越狱的罪名当场射杀,等拖到牢房时已经奄奄一息。马脸临终时告诉李三,自己本名李长山,十五年前老婆被人霸占,女儿也被抢了去,如果李三有再见天日之时一定要找到他的女儿。之后的李三为了苟活只能一味忍让。
终于,李三挖通了马脸留下的地道,谁知地道的另一头并不是监狱的出口,而是另一个牢房,是关着云中燕李云飞的特殊牢房。李云飞见李三筋骨奇佳,而且是自己的弟子李伟江的儿子,于是收起为弟子,将燕子功相传。
决战燕子门第5集剧情介绍李三所在的牢房来了一个叫小七的男孩,由于一些莫须有的小罪名而被关进牢房。小七作为新人,接受了惯例的“新人洗礼”,幸好有李三相救没被打死,小七对李三敬佩至极。
李三趁着深夜,进入李云飞的牢房,学习轻功,一些时日之后已小有成效。然而这个秘密被小七无意间发现。在监狱里,黑金发现李三的身手有点当年李云飞的影子,黑金觉得有些蹊跷。于是黑金抓走了小七,毒打之下,小七只好把李云飞的秘密说了出来。黑金早就听闻李云飞藏着一批倾国宝藏,就进入秘道找到李云飞。
李云飞虽然有一身绝世轻功,可在一个小小的牢房仍然无法与黑金抗衡。为了逼李云飞说出秘密,黑金威胁要杀李三。李云飞深知只能活下一个人,便假装将宝藏的秘密告知李三,而后,李云长咬舌自尽。
为了得到宝藏的秘密,黑金不得不留下李三的小命。何氏百般辛苦终于找到门路来探监,和儿子李三见上一面。而李三担心母亲见到自己的样子会更加担心,于是回绝了与母亲的见面。